Store fjerkræbrug og store grisebrug er omfattet af IE-direktivet. Derfor gælder der helt særlige regler for disse husdyrbrug.

IE husdyrbrug omfatter: Grisebrug med mindst 750 stipladser til søer. Grisebrug med mindst 2.000 stipladser for slagtesvin. Fjerkræbrug med mindst 40.000 stipladser. Liste over godkendelser til IE husdyrbrug kan ses i Digital Miljøadministration. Når et husdyrbrug får færre stipladser, og derved ophører som IE husdyrbrug, så skal landmanden vurdere, om jord og grundvand er påvirket af dyreholdet på ejendommen. Kommunen ser herefter på, om der skal laves undersøgelser, analyser eller målinger på landbruget.