I Vandområdeplanerne er der fastsat mål for vandløbenes økologiske tilstand. Når der skal give en tilladelse, vurderes påvirkningen fra den samlede indvinding i området, vandløbets nuværende tilstand, samt boringens påvirkning af de nærmeste naturområder. Yderligere beregnes en mulig påvirkning af naturen og inddrager kendt viden om tilstanden af vandløb og natur.
Omkring enhver boring skal der være et fredningsbælte, hvor der hverken må gødes, sprøjtes eller opbevares pesticider, gødning og andre stoffer, der kan forurene grundvandet. Boringer, der skal bruges til markvandring, egen drikkevandsforsyning, eller erhvervsformål, skal have et fredningsbælte med en radius på 5 m omkring boringen.