Igennem en årrække er der blevet opkrævet et gebyr på tilladelser til indvinding af grundvand til kortlægning af drikkevandsressourcer og udarbejdelse af indsatsplaner for beskyttelse af ressourcerne.

Ved ændringer i vandforsyningsloven og vandafgiftloven, er gebyret lagt over på den afgift, der i forvejen er på ledningsført vand. Afgifter fremgår af Lov om afgift af ledningsført vand. Grundvandsafgiften fordeles mellem stat og kommune Grundvandsafgiften fordeles mellem stat og kommune på følgende måde: Statens andel af afgiften bruges primært til kortlægning af drikkevandsressourcerne. Kommunens andel bruges primært til udarbejdelse af indsatsplaner til beskyttelse af drikkevandsressourcerne, men afgiften dækker ikke de udgifter, der vil komme for at føre indsatsplanerne ud i livet.